Auf dem Gelände der früheren zentralen Untersuchungshaftanstalt des Ministeriums für Staatssicherheit befindet sich seit 1994 eine Gedenkstätte. Seit Juli 2000 ist diese eine selbstständige Stiftung öffentlichen Rechts. Die Grundstücke und Gebäude des Gefängnisses wurden ihr vom Land Berlin zur unentgeltlichen Nutzung überlassen. Für ihre Arbeit erhält sie einen jährlichen Zuschuss des Bundes und des Landes Berlin.

Die Gedenkstätte hat die gesetzliche Aufgabe, die Geschichte der Haftanstalt Hohenschönhausen in den Jahren 1945 bis 1989 zu erforschen, über Ausstellungen, Veranstaltungen und Publikationen zu informieren und zur Auseinandersetzung mit den Formen und Folgen politischer Verfolgung und Unterdrückung in der kommunistischen Diktatur anzuregen. Am Beispiel dieses Gefängnisses soll sie zugleich über das System der politischen Justiz informieren.

Da große Teile der Gebäude und der Einrichtung fast unversehrt erhalten geblieben sind, vermittelt die Gedenkstätte ein sehr authentisches Bild des Haftregimes in der DDR. Wegen ihrer geographischen Lage in der Bundeshauptstadt gilt sie als wichtigster Erinnerungsort für die Opfer kommunistischer Gewaltherrschaft in Deutschland.

Die Gedenkstätte wurde im Jahr 2012 von 354.000 Menschen besucht, davon knapp die Hälfte Schüler (Stand: 02.01.2013). In der Regel führen ehemalige Häftlinge die Besucher durch das Gefängnis und informieren sie über die Haftbedingungen und Verhörmethoden des DDR-Staatssicherheitsdienstes.